【2025年版】土壌汚染調査・対策の補助金制度｜中小企業向け支援

土壌汚染調査・対策には多額の費用がかかる

土壌汚染調査・対策には、調査で数百万円、対策工事で数千万円から数億円の費用がかかることがあります。特に中小企業にとっては、これらの費用負担が経営を圧迫するケースも少なくありません。

そこで、国や自治体は土壌汚染対策を促進するため、各種の補助金・融資制度を用意しています。本記事では、2025年最新の支援制度を詳しく解説し、申請方法や活用事例を紹介します。

1. 土壌汚染対策基金による助成制度（国）

独立行政法人環境再生保全機構（ERCA）が運営する土壌汚染対策基金は、中小企業者等が土壌汚染調査・対策を行う際の費用を助成する国の制度です。

助成対象者

• 中小企業者：製造業その他は従業員300人以下または資本金3億円以下、卸売業は従業員100人以下または資本金1億円以下、小売業・サービス業は従業員50〜100人以下または資本金5,000万円以下
• 個人事業主
• 一定の要件を満たす法人：汚染原因者でない土地所有者等

助成内容

対象費用	助成率	上限額
土壌汚染状況調査費用	費用の3/4以内	1,000万円
土壌汚染対策工事費用	費用の3/4以内	1億円
モニタリング費用	費用の3/4以内	500万円

具体例：調査費用が400万円の場合、助成額は300万円（400万円×3/4）、自己負担は100万円

申請の流れ

1. 事前相談：環境再生保全機構に相談（電話・メール）
2. 申請書類の準備：
   • 助成金交付申請書
   • 事業計画書（調査・対策の内容、費用見積もり）
   • 土地の登記事項証明書
   • 中小企業者であることを証明する書類（登記簿謄本、決算書等）
   • 汚染原因者でないことを証明する書類
3. 申請：調査・対策の着手前に申請（着手後の申請は不可）
4. 審査・交付決定：1〜2ヶ月程度
5. 調査・対策の実施
6. 実績報告・助成金受領：完了後、実績報告書を提出し、助成金を受領

利子補給制度

金融機関から融資を受けて土壌汚染対策を実施する場合、支払利子の一部を補給する制度もあります。

• 補給率：支払利子の1/2以内
• 対象融資額：5,000万円以内
• 補給期間：5年以内

2. 自治体の独自支援制度

都道府県や市区町村が独自に設けている補助金・融資制度があります。以下は主要自治体の例です。

東京都

東京都中小企業者向け土壌汚染対策助成金

• 対象：都内の中小企業者
• 助成内容：
  • 調査費用：上限100万円（助成率1/2）
  • 対策費用：上限500万円（助成率1/3）
• 問い合わせ：東京都環境局環境改善部

大阪府

大阪府土壌汚染対策資金融資制度

• 対象：府内の中小企業者
• 融資額：5,000万円以内
• 金利：年1.0%（固定、2025年度）
• 融資期間：10年以内（据置期間2年以内）
• 問い合わせ：大阪府環境農林水産部

神奈川県

神奈川県環境保全資金融資制度

• 対象：県内の中小企業者
• 融資額：8,000万円以内
• 金利：年1.2〜1.5%
• 問い合わせ：神奈川県環境農政局

愛知県

愛知県土壌汚染対策資金融資制度

• 融資額：7,000万円以内
• 金利：年1.1%
• 問い合わせ：愛知県環境局

自治体	制度名	補助/融資	上限額
東京都	中小企業者向け助成金	補助金	調査100万円、対策500万円
大阪府	土壌汚染対策資金	融資	5,000万円
神奈川県	環境保全資金	融資	8,000万円
愛知県	土壌汚染対策資金	融資	7,000万円

地方自治体の制度は変更される場合があるため、最新情報は各自治体の環境部局に確認してください。

3. 日本政策金融公庫の融資制度

日本政策金融公庫（国民生活事業・中小企業事業）では、環境対策資金として土壌汚染対策費用の融資を行っています。

融資制度の概要

• 対象：中小企業者、個人事業主
• 融資限度額：
  • 国民生活事業：7,200万円
  • 中小企業事業：7億2,000万円
• 金利：年1.1〜2.5%程度（融資制度・返済期間により異なる）
• 返済期間：20年以内（据置期間2年以内）

メリット

• 民間金融機関より低金利
• 長期返済が可能
• 無担保・無保証人での融資も可能（一定の条件）

4. 民間金融機関の環境対応融資

一部の地方銀行・信用金庫では、土壌汚染対策を含む環境対応融資商品を提供しています。

• 特徴：環境配慮企業への優遇金利、CSR評価の向上
• 融資条件：金融機関により異なる

補助金・融資を活用した成功事例

事例1：中小製造業A社（東京都）

状況：工場廃止に伴い土壌汚染調査を実施。重金属汚染が発覚し、対策費用3,000万円が必要に。

活用した支援：

• 土壌汚染対策基金：対策費用の3/4（2,250万円）を助成
• 自己負担750万円

結果：自己負担を750万円に抑え、土地を売却して事業転換に成功

事例2：個人事業主B氏（大阪府）

状況：相続した土地にガソリンスタンド跡地があり、土壌汚染が判明。対策費用1,200万円。

活用した支援：

• 大阪府の融資制度：1,200万円を年利1.0%、10年返済で融資
• 月々の返済額：約10万円

結果：低金利融資により、月々の負担を抑えながら対策を完了。土地を賃貸として活用し、返済資金を確保

事例3：中小飲食チェーンC社（神奈川県）

状況：店舗建設予定地でクリーニング店跡地の汚染が発覚。調査費300万円、対策費800万円。

活用した支援：

• 神奈川県環境保全資金：1,100万円を融資
• 低金利（年1.2%）により、総利息負担を抑制

結果：計画通りに店舗をオープンし、売上で返済

補助金・融資申請の注意点とポイント

1. 必ず着手前に申請する

調査・対策に着手してしまうと、ほとんどの補助金は対象外になります。まずは相談・申請を行い、交付決定を受けてから着手してください。

2. 複数の制度を組み合わせる

国の助成と自治体の融資を組み合わせることで、自己負担をさらに軽減できる場合があります。

• 例：土壌汚染対策基金で対策費用の3/4を助成（残り1/4を自己負担）→ 残りの1/4を自治体の融資で賄う

3. 計画的に申請準備を進める

申請から交付決定まで1〜2ヶ月かかるため、調査・対策のスケジュールに余裕を持たせることが重要です。

4. 専門家に相談する

指定調査機関や環境コンサルタントに、補助金・融資の活用についても相談することで、最適な資金計画を立てられます。

申請に必要な書類（土壌汚染対策基金の場合）

共通書類

• 助成金交付申請書（所定様式）
• 事業計画書（調査・対策の内容、スケジュール、費用見積もり）
• 土地の登記事項証明書（全部事項証明書）
• 公図、地積測量図
• 土地の取得経緯を示す書類（売買契約書、相続関係書類等）

中小企業者の場合

• 登記簿謄本（履歴事項全部証明書）
• 直近3期分の決算書
• 中小企業者であることの誓約書

個人事業主の場合

• 確定申告書（直近3年分）
• 事業内容を示す書類

よくある質問

Q1. 大企業は補助金を受けられませんか？

土壌汚染対策基金の助成は中小企業者等が対象です。大企業は原則として対象外ですが、自治体の制度によっては大企業も対象となる場合があります（例：東京都の一部の融資制度）。

Q2. 汚染原因者でも補助金を受けられますか？

原則として汚染原因者は対象外です。ただし、以下の場合は対象となる可能性があります：

• 汚染された土地を無過失で相続・購入した場合
• 汚染原因が前所有者や第三者にあることが明確な場合

Q3. 補助金申請のタイミングは？

調査・対策の実施前に申請が必要です。着手後の申請は受け付けられません。まずは環境再生保全機構または自治体に相談し、申請手続きを確認してください。

Q4. 任意調査でも補助金の対象になりますか？

土壌汚染対策基金は、法定調査（土壌汚染対策法に基づく調査）が対象です。任意調査は原則として対象外ですが、自治体の制度によっては任意調査も対象となる場合があります。

Q5. 融資の審査は厳しいですか？

土壌汚染対策のための融資は、一般の事業融資より審査が厳しい傾向があります。以下の点が重視されます：

• 対策計画の妥当性（過剰でも過少でもない適切な対策）
• 返済能力（事業の収益性、担保の有無）
• 土地の将来的な活用計画

まとめ：補助金・融資を活用して負担を軽減

土壌汚染調査・対策には多額の費用がかかりますが、国や自治体の補助金・融資制度を活用することで、負担を大幅に軽減できます。

重要なポイント：

• 必ず着手前に申請する
• 複数の制度を組み合わせる
• 計画的に準備を進める
• 専門家に相談する

当サービスでは、補助金・融資の活用に詳しい指定調査機関とマッチングし、資金計画の相談から申請サポートまで、ワンストップで支援します。まずは無料相談からお気軽にお問い合わせください。

お問い合わせ先：

• 環境再生保全機構（土壌汚染対策基金）：TEL 044-520-9706
• 日本政策金融公庫：全国の支店窓口
• 各都道府県の環境部局：自治体ウェブサイトで確認