土壌汚染調査会社の選び方は？
→「環境省指定調査機関」であることを最優先で確認。指定番号は環境省サイトで検索可能。費用はフェーズ1で30〜50万円、フェーズ2で100〜300万円が相場です。
この記事の結論
土壌汚染調査会社を選ぶ際は、「環境省指定調査機関」であることを最優先で確認してください。指定番号は環境省のウェブサイトで検索可能です。費用相場はフェーズ1で30〜50万円、フェーズ2で100〜300万円です。
この記事でわかること
- 環境省指定調査機関であることの確認が最重要
- 指定番号は環境省ウェブサイトで検索可能
- フェーズ1（地歴調査）費用相場は30〜50万円
- フェーズ2（詳細調査）費用相場は100〜300万円
- 案件に合った専門性（工場、GS、クリーニング店等）を持つ会社を選ぶ
- 自治体との連携実績も重要な選定基準
土壌汚染調査会社おすすめ10選とは
指定調査機関とは、環境大臣から土壌汚染対策法に基づく調査を行う資格を認められた機関のことです。2025年現在、全国に約900社が登録されています。無資格業者の調査は法的に無効となるため、必ず指定番号を確認しましょう。
2025年1月更新
本記事は2025年最新の情報に基づいて更新しています。環境省の指定調査機関は全国約900社となり、会社選びがより重要になっています。
土壌汚染調査会社選びの重要性｜2025年の最新動向
土壌汚染対策法に基づく調査は、環境大臣が指定する「指定調査機関」のみが実施できます（2025年1月時点で全国に約900機関）。無資格業者による調査は法令違反であり、調査結果が無効となります。
しかし、「指定機関である」というだけで安心してはいけません。調査の品質、費用の透明性、実績、自治体との連携など、チェックすべきポイントは多岐にわたります。
2025年の業界動向
- PFAS（有機フッ素化合物）規制強化に伴う調査需要の増加
- AI・ドローン技術を活用した効率的な調査手法の普及
- カーボンニュートラル対応の環境コンサルティング需要拡大
- 土壌汚染対策法改正（2024年施行）による調査義務範囲の拡大
優良土壌汚染調査会社を選ぶ5つのランキング基準
ランキング1位：環境省指定調査機関の確認
これが最重要！土壌汚染対策法に基づく調査を実施できるのは、環境大臣が指定した「指定調査機関」のみです。
指定を受けるには、以下の要件を満たす必要があります：
- 技術管理者の配置：土壌汚染調査技術管理者の資格を持つ者が常駐
- 調査実績：一定の調査実績があること
- 独立性：浄化工事業者との利益相反がないこと
確認方法
環境省のウェブサイト「指定調査機関名簿」で検索可能です。会社名・指定番号を入力して、現在も指定を受けているか確認しましょう。
無資格業者のリスク
- ✗ 調査結果が法的に無効（都道府県に受理されない）
- ✗ 再調査が必要になり、費用・時間が倍増
- ✗ 不動産取引で「調査未実施」扱いとなるリスク
ランキング2位：技術管理者の経験と実績
指定調査機関には、「土壌汚染調査技術管理者」の資格を持つ者が配置されています。この技術管理者の経験が調査の品質を左右します。
確認すべきポイント
- 調査実績件数：年間何件の調査を実施しているか
- 土地種別の経験：工場跡地、ガソリンスタンド跡地、住宅地など
- 汚染物質の種類：重金属、揮発性有機化合物、農薬など、どの物質の調査経験があるか
- 浄化対策の提案力：汚染が見つかった場合の対策提案ができるか
見積もり時に、担当する技術管理者の経歴書や実績資料を見せてもらうことをお勧めします。
ランキング3位：調査範囲の明確化と費用の透明性
「土壌調査一式 150万円」のような、曖昧な見積もりは要注意です。
優良調査会社の見積書には以下が明記されています：
- フェーズ1（地歴調査）：
- 登記簿謄本、空中写真、古地図の確認
- ヒアリング調査（土地所有者、近隣住民）
- 現地踏査
- フェーズ2（表層土壌調査）：
- ボーリング地点数（10m × 10mメッシュ単位）
- 分析項目（25項目全て or 特定項目のみ）
- 分析費用（1検体あたり○○円）
- 報告書作成費用：調査結果報告書の作成費
調査範囲が曖昧だと、「それは見積もりに入っていない」と追加費用を請求されるリスクがあります。
ランキング4位：分析機関との連携（計量証明事業者）
土壌サンプルの分析は、環境大臣の登録を受けた「計量証明事業者」が行います。自社に分析ラボを持つ調査会社もあれば、外部の分析機関に委託する会社もあります。
確認方法
- 見積もり時に「分析はどこで行いますか？」と質問
- 計量証明事業の登録番号を確認
- 分析精度の管理体制（ISO認定など）を確認
自社ラボを持つ会社は分析が早く、コストも抑えられる傾向があります。
ランキング5位：自治体との連携実績
土壌汚染調査の結果は、都道府県に報告する必要があります。自治体との連携実績が豊富な調査会社は、報告手続きや区域指定の解除交渉がスムーズです。
- 自治体への報告代行サービスがあるか
- 過去に自治体とのトラブルがないか
- 区域指定解除の実績があるか
土壌汚染調査会社カテゴリー別比較表【2025年版】
土壌汚染調査会社は、大きく5つのカテゴリーに分類できます。それぞれの特徴・強み・費用感・向いている案件を比較表にまとめました。
| 会社カテゴリー | 特徴 | 費用感 | 向いている案件 |
|---|---|---|---|
| 大手総合環境コンサルタント | 全国対応、ワンストップサービス、技術力高い | やや高め | 大規模案件、複雑な汚染、M&A、上場企業 |
| 地質調査専門会社 | ボーリング技術に強み、地盤調査も可能 | 中程度 | 工場跡地、地下水調査が必要な案件 |
| 環境分析ラボ併設会社 | 自社分析で迅速、コスト競争力あり | 比較的安い | 分析項目が多い案件、急ぎの案件 |
| 地域密着型調査会社 | 地元自治体との関係良好、小回りが利く | 比較的安い | 中小規模案件、地方の土地 |
| 建設会社系環境部門 | 浄化工事まで一貫対応、解体との連携 | 中程度 | 解体を伴う案件、浄化工事が必要な案件 |
会社選びのポイント
案件の規模・複雑さ・予算・納期に応じて、最適なカテゴリーの会社を選ぶことが重要です。複数のカテゴリーから相見積もりを取ることで、費用感・対応力を比較できます。
主要土壌汚染調査会社の選定基準と特徴（2025年版）
指定調査機関約900社の中から優良会社を選ぶ際、以下の基準で評価することをお勧めします。
評価基準1：調査実績件数と年数
| 評価 | 年間調査実績 | 設立年数 |
|---|---|---|
| 優良 | 100件以上 | 10年以上 |
| 良好 | 50〜100件 | 5〜10年 |
| 標準 | 20〜50件 | 3〜5年 |
| 要確認 | 20件未満 | 3年未満 |
評価基準2：対応可能な調査・分析項目
- 法定25項目（第一種・第二種特定有害物質）：基本対応必須
- 油分（TPH）：ガソリンスタンド跡地などで必要
- ダイオキシン類：焼却施設跡地などで必要
- PFAS（有機フッ素化合物）：2025年注目の項目、対応可能な会社は限定的
- 自然由来汚染：火山地帯などで必要
評価基準3：技術管理者の資格・経験
- 土壌汚染調査技術管理者：必須資格（法定要件）
- 技術士（環境部門）：高度な技術力の証明
- 環境計量士：分析の専門性が高い
- 地質調査技士：ボーリング技術の専門性
評価基準4：ISO認証・業界団体加盟
| 認証・加盟 | 意味 |
|---|---|
| ISO 9001 | 品質マネジメントシステムの国際規格 |
| ISO 14001 | 環境マネジメントシステムの国際規格 |
| ISO 17025 | 試験所認定（分析精度の保証） |
| 一般社団法人土壌環境センター会員 | 業界最大の団体、信頼性の証 |
| 地盤工学会会員 | 地質調査の専門性 |
こんな調査会社は要注意！レッドフラグ
| レッドフラグ | リスク |
|---|---|
| 指定番号の提示を拒否 | 無資格業者の可能性（調査結果が無効に） |
| 極端に安い見積もり（相場の半額以下） | サンプリング数が少ない、分析項目が省略されている |
| フェーズ1を省略して直接フェーズ2 | 地歴調査なしでは調査範囲が不適切になる |
| 浄化業者との癒着 | 不要な浄化工事を提案される可能性 |
| 計量証明事業者の登録がない | 分析結果の信頼性が低い、行政に受理されない |
費用相場と見積もり比較のポイント
土壌汚染調査の費用相場（2025年版）
| 調査フェーズ | 費用目安 |
|---|---|
| フェーズ1（地歴調査） | 30〜50万円 |
| フェーズ2（表層土壌調査） | 100〜300万円 |
| フェーズ3（詳細調査） | 200〜500万円以上 |
| 自主調査（簡易版） | 50〜150万円（リスクが高い5〜10項目のみ） |
相見積もりで比較すべき項目
- 調査範囲：フェーズ1のみか、フェーズ2まで含むか
- ボーリング地点数：何地点でサンプリングするか
- 分析項目：25項目全てか、特定項目のみか
- 分析機関：計量証明事業者の登録があるか
- 報告書の内容：自治体への報告代行が含まれるか
- 納期：調査開始から報告書提出までの期間
最低でも3社から相見積もりを取り、総額だけでなく内訳を比較しましょう。
調査会社の探し方・選び方
探し方
- 環境省「指定調査機関名簿」で検索
- 都道府県の環境部局のウェブサイトで地域の調査機関を確認
- 不動産会社・金融機関からの紹介（ただし、業者との癒着がないか注意）
- マッチングサイトの利用（事前審査を通過した調査機関のみ登録）
契約時の注意点
- 調査範囲・ボーリング地点数を明記
- 追加調査の費用負担ルールを確認
- 報告書の納期を明確に（通常2〜4週間）
- 秘密保持契約（NDA）の締結
- 調査結果の保管期間（法律上、区域指定された場合は解除まで保管義務）
調査会社選びの最終チェックリスト
契約前に必ず確認！
- □ 環境省「指定調査機関名簿」で指定番号を確認
- □ 土壌汚染調査技術管理者が配置されている
- □ 見積書に調査範囲・ボーリング地点数・分析項目が明記されている
- □ 計量証明事業者の登録がある分析機関と提携している
- □ 調査実績が豊富で、土地種別の経験がある
- □ 報告書のサンプルを見せてもらった
- □ 契約書に調査範囲・費用・納期が明記されている
- □ 追加費用が発生する条件が明確
- □ 浄化業者との利益相反がない
- □ 自治体への報告代行サービスがある
信頼できる調査会社の見分け方：10のチェックポイント
調査会社の良し悪しは、以下の10ポイントで判断できます。
チェック1：初回相談時の対応が丁寧か
電話やメールでの初回相談時に、専門用語を使わずにわかりやすく説明してくれるかが重要です。一方的に調査を勧めるのではなく、「調査が本当に必要か」を客観的にアドバイスしてくれる会社は信頼できます。
チェック2：現地確認を無料で実施してくれるか
優良な調査会社は、見積もり前に現地を確認してくれます。土地の状況を見ずに見積もりを出す会社は、後で追加費用を請求するリスクがあります。
チェック3：地歴調査を省略していないか
いきなりフェーズ2（土壌サンプリング）を勧める会社は要注意です。本来は、まずフェーズ1（地歴調査）で汚染の可能性を評価してから、フェーズ2の必要性を判断すべきです。
チェック4：見積もりに「一式」がないか
「土壌調査一式 200万円」のような見積もりは不透明です。優良な会社は、ボーリング費用・サンプリング費用・分析費用・報告書作成費用を個別に記載します。
チェック5：技術管理者に直接会えるか
見積もり時または契約時に、実際に調査を担当する技術管理者に会わせてもらうことをお勧めします。経験年数、過去の実績を直接聞くことで、信頼性を確認できます。
チェック6：浄化業者との利益相反がないか
調査会社が浄化業者と癒着している場合、不要な浄化工事を提案されるリスクがあります。契約前に「調査会社と浄化業者は別ですか？」と確認しましょう。
チェック7：過去のクレーム履歴はないか
環境省のウェブサイトで、指定取消や業務停止処分を受けていないかを確認できます。また、自治体の環境部局に「この会社の調査結果に問題はありましたか？」と聞くのも有効です。
チェック8：報告書のサンプルを見せてくれるか
契約前に過去の報告書のサンプル（匿名化したもの）を見せてもらうことで、調査の品質を確認できます。報告書が図表を多用し、わかりやすくまとめられているかをチェックしましょう。
チェック9：自治体への報告代行サービスがあるか
法定調査の場合、調査結果を都道府県に報告する必要があります。報告書の提出代行や、自治体との協議をサポートしてくれる会社は、手続きがスムーズです。
チェック10：アフターフォローがあるか
調査後に、報告書の内容を丁寧に説明してくれるか、質問に答えてくれるかが重要です。「報告書を渡したら終わり」ではなく、汚染対策の相談にも乗ってくれる会社を選びましょう。
土壌汚染調査会社に関するよくあるトラブル事例
トラブル1：調査後に追加費用を請求された
原因：見積もり時に調査範囲が曖昧だった。「ボーリング5地点」と記載されていたが、実際には10地点必要だった。
対策：契約前に「追加費用が発生する条件」を明確にする。追加調査が必要になった場合は、再度見積もりを取ることを契約書に明記。
トラブル2：調査結果が自治体に受理されなかった
原因：調査会社が「指定調査機関」でなかった。または、調査方法が土壌汚染対策法の基準を満たしていなかった。
対策：必ず環境省の「指定調査機関名簿」で指定番号を確認する。自治体の環境部局に「この調査会社は信頼できますか？」と事前に相談するのも有効。
トラブル3：汚染を見落とされた
原因：ボーリング地点数が不足していた。または、分析項目が不十分だった。
対策：相見積もりで「なぜこのボーリング地点数なのか」を確認する。複数の調査会社が同じ地点数を提案している場合は、適切な可能性が高い。
トラブル4：浄化業者を強引に紹介された
原因：調査会社が浄化業者と癒着していた。または、調査会社自身が浄化工事も行っていた。
対策：調査会社と浄化業者は別々に選ぶ。調査会社からの紹介だけでなく、自分で浄化業者を探して相見積もりを取る。
マッチングサイトで優良調査会社を効率的に探す
複数の調査会社に個別に見積もり依頼をするのは手間がかかります。土壌汚染調査専門のマッチングサイトを活用すれば、複数の優良業者から一括で見積もりを取得できます。
マッチングサイトのメリット
- 事前審査済み：登録時に指定調査機関であることを確認済み
- 相見積もりが簡単：1回の入力で複数社から見積もりが届く
- 口コミで信頼性を確認：過去の利用者の評価を見て選べる
- 仲介手数料なし：土地所有者は無料で利用可能
地域別の主要土壌汚染調査会社（2025年版）
参考までに、各地域の主要な調査会社をご紹介します（アルファベット順、優劣の順位ではありません）。
関東エリア（東京・神奈川・埼玉・千葉）
- 大手総合環境コンサルタント（全国展開）
- 地質調査専門会社（ボーリング技術に強み）
- 環境分析ラボ併設の調査会社（分析が早い）
関東エリアは調査会社が多いため、必ず複数社から相見積もりを取りましょう。
関西エリア（大阪・兵庫・京都）
- 大阪本社の環境コンサルタント
- 地質調査会社（大阪・神戸に拠点）
- 環境計量証明事業者（分析精度が高い）
関西エリアも調査会社が多く、競争が激しいため価格交渉しやすいです。
中部エリア（愛知・岐阜・三重・静岡）
- 名古屋本社の環境コンサルタント
- 地質調査会社（製造業の工場跡地調査に強み）
中部エリアは製造業が多いため、工場跡地の調査実績が豊富な会社を選びましょう。
地方エリア
地方では調査会社の選択肢が限られることがあります。全国対応の大手調査会社や、マッチングサイトで広域対応可能な会社を探すのがおすすめです。
費用を抑えるコツ：必要最小限の調査範囲に絞る
調査費用を抑えたい場合、以下の方法があります。
1. フェーズ1（地歴調査）だけ先に実施
まず地歴調査で汚染の可能性を評価し、リスクが低ければフェーズ2を省略できます。フェーズ1の費用は30〜50万円程度です。
2. 分析項目を絞る（自主調査の場合）
自主調査であれば、25項目全てではなく、リスクの高い5〜10項目に絞ることで費用を抑えられます。
- 工場跡地：重金属（鉛、カドミウム、ヒ素など）
- ガソリンスタンド跡地：石油系炭化水素（ベンゼン、トルエンなど）
- クリーニング店跡地：有機塩素系（テトラクロロエチレンなど）
3. 複数の土地をまとめて調査
複数の土地を同時に調査すれば、調査会社の移動コストが抑えられ、割引してもらえることがあります。
まとめ：土壌汚染調査は「指定機関」と「実績」で選ぶ
土壌汚染調査は、不動産取引や土地の資産価値に直結する重要な調査です。「安さ」だけで選ぶと、不適切な調査で汚染を見落とし、後で高額な浄化費用が発生したり、不動産取引でトラブルになるリスクが高まります。
優良な調査会社は、環境省指定調査機関であり、技術管理者の経験が豊富で、透明性の高い見積もりを提示します。このガイドのチェックポイントを使って、信頼できる調査会社を見つけてください。
最後に：不安な場合は専門家に相談を
土壌汚染調査は専門性が高く、初めての方にとっては判断が難しい面もあります。不安な場合は、マッチングサイトの専門スタッフや、自治体の環境部局に相談しましょう。適切な調査会社の選び方をアドバイスしてもらえます。
【2025年版】土壌汚染調査会社選びのよくある失敗パターン
実際に相談を受けた中から、よくある失敗パターンをご紹介します。
失敗パターン1：価格だけで選んで品質が低かった
事例：A社の見積もりが最安値（相場の60%）だったため依頼したところ、ボーリング地点数が不足しており、後から追加調査が必要になった。結果的に最初から適正価格の会社に依頼するより高くついた。
教訓：見積もりの内訳（ボーリング地点数、分析項目、報告書の内容）を必ず確認すること。
失敗パターン2：浄化業者との癒着に気づかなかった
事例：調査会社が「汚染あり」と報告し、同じグループの浄化業者を紹介された。他社に再調査を依頼したところ、汚染は基準値以下であり浄化不要だった。
教訓：調査会社と浄化業者は別々に選ぶ。調査結果に疑問があれば、セカンドオピニオンを取る。
失敗パターン3：自治体との連携不足でやり直しになった
事例：調査は問題なく完了したが、報告書の形式が自治体の要求と異なり、修正に時間がかかった。不動産取引のスケジュールが遅延した。
教訓：自治体との連携実績がある会社を選ぶ。契約前に「この自治体での実績はありますか？」と確認する。
失敗パターン4：専門外の調査を依頼してしまった
事例：クリーニング店跡地の調査を、工場跡地が専門の会社に依頼。テトラクロロエチレンの調査経験がなく、適切なサンプリング位置が特定できなかった。
教訓：土地の用途に応じた専門性を持つ会社を選ぶ。ガソリンスタンド、クリーニング店、工場など、それぞれ得意な会社がある。
調査目的別：最適な調査会社の選び方
調査の目的によって、選ぶべき会社のタイプが異なります。
| 調査目的 | おすすめの会社タイプ | 重視ポイント |
|---|---|---|
| 不動産売買 | 大手コンサル、地域密着型 | 報告書の信頼性、納期 |
| 工場閉鎖・解体 | 地質調査専門、建設会社系 | 浄化工事との連携、地下水調査 |
| M&A・デューデリジェンス | 大手コンサル | 国際規格対応、レポート品質 |
| 相続・遺産分割 | 地域密着型、分析ラボ併設 | 費用、迅速さ |
| 自主調査（将来の売却に備えて） | 分析ラボ併設、地域密着型 | 費用、柔軟な対応 |
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よくある質問
Q土壌汚染調査会社はどこで探すのがおすすめですか？
環境省の「指定調査機関名簿」で検索するのが最も確実です。また、各都道府県の環境部局のウェブサイトでも地域の調査機関を確認できます。土壌調査専門のマッチングサイトを利用するのも効率的です。
Q相見積もりは何社くらい取るべきですか？
最低でも3社から見積もりを取ることをお勧めします。ただし、安さだけで選ばず、指定番号の有無・実績・報告書の品質・分析機関の信頼性を総合的に判断してください。
Q調査会社が倒産した場合のリスクは？
調査途中で倒産した場合、報告書が完成せず、再調査が必要になります。事前に実績や財務状況を確認し、信頼性の高い機関を選ぶことでリスクを低減できます。また、大手の調査会社や、業界団体に加盟している会社を選ぶのも安全です。
Q指定調査機関の指定番号はどのように確認しますか？
契約前に指定番号を提示してもらい、環境省のウェブサイト「指定調査機関名簿」で検索してください。会社名・指定番号を入力すれば、現在も指定を受けているか確認できます。
Q調査費用は誰が負担しますか？
土地所有者が負担するのが原則です。ただし、不動産売買の場合は売主・買主の協議で決定します。また、融資審査で金融機関から調査を求められた場合も、土地所有者（借主）が負担するのが一般的です。
Q自主調査を指定調査機関に依頼するメリットは？
調査の信頼性が高く、将来的に法定調査が必要になった場合、自主調査の結果を参考資料として活用できます。また、不動産取引時にも「指定機関による調査」という証明が有利に働きます。
Q計量証明事業者の登録はなぜ重要ですか？
計量証明事業者の登録がない分析機関の結果は、都道府県に受理されない場合があります。環境大臣の登録を受けた分析機関であれば、国の基準に基づく精度の高い分析が保証されます。
Q不動産会社からの紹介調査会社は信頼できますか？
一概には言えません。紹介であっても、指定番号・実績・計量証明事業者との提携などを必ず確認してください。また、浄化業者との癒着がないか（不要な浄化工事を提案されないか）も注意が必要です。
Q2025年現在、土壌汚染調査会社は全国に何社ありますか？
2025年1月時点で、環境大臣が指定する「指定調査機関」は全国に約900社あります。ただし、会社によって得意分野・対応エリア・技術力が異なるため、案件に合った会社を選ぶことが重要です。
Q大手調査会社と中小調査会社、どちらを選ぶべきですか？
案件の規模と複雑さによります。大規模・複雑な案件（M&A、上場企業案件、複数汚染物質）は大手がおすすめです。中小規模の案件や地方の土地は、地域密着型の会社が費用面・対応面で有利な場合があります。
QPFAS（有機フッ素化合物）の調査に対応している会社はありますか？
2025年時点では、PFAS調査に対応できる調査会社は限定的です。大手環境コンサルタントや、特定の分析機関と提携している会社が対応可能です。PFAS調査が必要な場合は、見積もり時に「PFAS対応可能ですか？」と確認してください。
Q調査会社の「土壌環境センター会員」とは何ですか？
一般社団法人土壌環境センターは、土壌汚染調査・浄化の業界最大の団体です。会員企業は一定の技術水準と倫理規定を満たしており、信頼性の指標の一つになります。ただし、非会員でも優良な会社はあります。
Q調査会社を変更することはできますか？
契約途中での変更は、追加費用や手続きの遅延が発生する可能性があります。ただし、調査品質や対応に問題がある場合は、自治体の環境部局や弁護士に相談の上、変更を検討してください。契約前に実績・対応力を十分確認することが重要です。
Q調査結果に不満がある場合、セカンドオピニオンは取れますか？
はい、可能です。調査結果に疑問がある場合は、別の指定調査機関にセカンドオピニオンを依頼できます。特に「汚染あり」と判定され高額な浄化工事を提案された場合は、複数社の意見を聞くことをお勧めします。
Q調査会社選びで最も重要なポイントは何ですか？
最も重要なのは「環境省指定調査機関であること」の確認です。次に、案件に合った専門性（工場跡地、ガソリンスタンド、クリーニング店など）、自治体との連携実績、費用の透明性を重視してください。価格だけで選ぶと、品質問題や追加費用のリスクがあります。