指定調査機関とは｜土壌汚染調査を依頼できる業者の選び方

指定調査機関とは何か

指定調査機関とは、土壌汚染対策法に基づき、環境大臣または都道府県知事から指定を受けた、土壌汚染状況調査を実施できる唯一の機関です。土壌汚染対策法第3条（有害物質使用特定施設廃止時）、第4条（一定規模以上の土地形質変更時）、第5条（都道府県知事による調査命令）による法定調査は、必ず指定調査機関に依頼しなければなりません。

指定調査機関制度は、土壌汚染調査の技術水準を確保し、調査結果の信頼性を担保するために設けられています。不適切な調査により汚染の見逃しや過剰な対策が行われることを防ぎ、国民の健康保護と適正な土地利用を実現する重要な役割を果たしています。

指定調査機関の指定要件と資格

指定調査機関として認定されるには、土壌汚染対策法施行規則で定められた厳格な要件を満たす必要があります。

1. 技術管理者の配置

技術管理者は、土壌汚染調査の技術的事項を総括管理する責任者で、以下のいずれかの資格を持つ者が配置されなければなりません：

• 技術士（環境部門、建設部門、衛生工学部門等）
• 一級土木施工管理技士
• 一級建築士
• 環境計量士（濃度関係）
• 大学等での専攻：理学、薬学、工学、農学の課程を修了し、土壌汚染調査に3年以上従事
• 実務経験者：10年以上の土壌汚染調査実務経験

2. 調査体制の整備

• 専任の技術管理者の配置（常勤）
• 調査員の確保：一定数以上の調査員を雇用または契約
• 作業手順書の整備：調査手順、品質管理方法を文書化
• 業務実施規程：公正かつ適正な業務実施のための規程整備

3. 分析機器・設備の保有

自社で分析を行う場合、以下の機器・設備が必要です（外部の計量証明事業者に委託も可能）：

• ガスクロマトグラフ質量分析装置（GC-MS）
• 原子吸光光度計または誘導結合プラズマ発光分光分析装置（ICP-AES）
• イオンクロマトグラフまたは吸光光度計
• その他の分析に必要な機器（pH計、振とう機、遠心分離機等）

4. 欠格事由の不存在

以下に該当する者は指定を受けられません：

• 土壌汚染対策法または環境関連法令に違反し、刑罰を受けた者（執行終了後2年未満）
• 指定を取り消され、2年を経過しない者
• 暴力団関係者

指定調査機関の現状と分布

地域	指定機関数	主な機関タイプ
東京都	約200機関	環境コンサル、計量証明事業者、総合建設会社
大阪府	約120機関	環境コンサル、分析会社、建設コンサル
愛知県	約80機関	環境コンサル、ゼネコン系
福岡県	約50機関	環境コンサル、地場建設会社
北海道	約40機関	環境コンサル、調査会社

全国合計：約1,700機関が指定（2024年12月現在）

大都市圏に集中しており、地方では選択肢が限られる傾向があります。県によっては10機関未満の地域もあります。

指定調査機関の探し方

1. 環境省ウェブサイトで検索

環境省の「指定調査機関情報検索システム」で、都道府県別・市区町村別に検索可能です。

• URL：https://www.env.go.jp/water/dojo/shitei_search/
• 検索項目：所在地、機関名、技術管理者名、指定番号
• 表示情報：機関名、住所、電話番号、指定年月日、技術管理者氏名

2. 都道府県の環境部局に問い合わせ

各都道府県の環境部局（環境保全課、環境管理課等）で、地域の指定調査機関リストを入手できます。

3. 業界団体を通じて紹介を受ける

• 一般社団法人 土壌環境センター：土壌汚染調査・対策に関する技術情報を提供
• 公益社団法人 日本環境協会：環境関連事業者のネットワーク
• 都道府県の環境保全協会：地域の環境事業者団体

4. マッチングサービスを利用

当サービスのような土壌汚染調査マッチングプラットフォームを利用すれば、複数の指定調査機関から一括で見積もりを取得し、比較検討できます。

指定調査機関の選び方：7つの重要ポイント

1. 同業種・同規模の調査実績

土地の過去利用や規模により、必要な調査技術やノウハウは異なります。

• 工場跡地：製造業の調査実績が豊富な機関
• ガソリンスタンド：石油系汚染の調査経験が豊富な機関
• 大規模開発：広範囲調査の実績がある機関
• 小規模物件：小回りが利く地場の機関

2. 地域での実績と地質・地層への精通

土壌の性質は地域により大きく異なり、地層構造を理解していないと適切な調査ができません。

• 沖積低地：地下水位が高く、汚染の拡散リスクが高い
• 台地・丘陵地：地下水位が低く、汚染は局所的
• 埋立地：埋立材に由来する汚染の可能性

地域の地質に詳しい機関は、適切なサンプリング地点を選定し、調査の無駄を省けるため、コストと精度の両面でメリットがあります。

3. 対策工事まで一貫対応できるか

調査の結果、汚染が確認された場合、対策工事が必要になります。

• 一貫対応のメリット：
  • 調査結果を踏まえた最適な対策提案
  • 別業者への引き継ぎが不要で、スムーズな進行
  • 調査・対策を合わせた総合的なコスト削減の可能性
• 注意点：対策工事の実績も確認し、過剰な対策を提案されないよう複数社で比較することが重要

4. 費用の透明性と見積もりの詳細度

見積書の内訳が明確で、以下の項目が詳細に記載されているかを確認します。

• 地歴調査費用（資料収集、現地調査、報告書作成）
• 土壌・地下水サンプリング費用（地点数、深度）
• 分析費用（分析項目数、単価）
• 報告書作成費用
• 諸経費（交通費、機材費等）

見積もり項目	不明瞭な見積もり	透明な見積もり
調査費用	「一式 300万円」	「地歴調査30万円、サンプリング10地点×15万円、分析費用80万円、報告書作成50万円」
追加費用の可能性	記載なし	「汚染が確認された場合、詳細調査として追加50〜200万円」

5. 技術管理者との面談・説明

契約前に技術管理者本人から調査計画の説明を受けることが推奨されます。

• 調査の必要性と範囲について、素人にも分かりやすく説明できるか
• 過剰な調査を提案していないか（疑問点を質問し、納得できる回答が得られるか）
• 汚染が見つかった場合の対応策について、複数の選択肢を示せるか

6. 行政対応の経験

法定調査の場合、都道府県知事への報告書提出や、行政とのやり取りが発生します。

• 行政対応の実績が豊富か
• 報告書の修正指摘を受けずにスムーズに受理された実績があるか
• 行政との協議や説明会への同席が可能か

7. 調査期間とスケジュール管理能力

不動産取引や開発プロジェクトでは、調査期間が重要です。

• 標準的な調査期間：
  • フェーズ1（地歴調査）：2〜4週間
  • フェーズ2（土壌・地下水分析）：1〜2ヶ月
• 確認事項：
  • 調査開始までの待ち時間（繁忙期は1ヶ月以上待つ場合も）
  • 緊急対応の可否と追加料金
  • 遅延時の対応とペナルティ

指定調査機関に依頼する際の費用相場

調査内容	費用相場	調査期間
フェーズ1（地歴調査）	20〜50万円	2〜4週間
フェーズ2（500㎡程度）	100〜200万円	1〜2ヶ月
フェーズ2（1,000㎡程度）	200〜350万円	1.5〜2.5ヶ月
フェーズ2（3,000㎡以上）	350〜600万円以上	2〜4ヶ月

費用の変動要因：

• 調査地点数（土壌・地下水のサンプリング箇所数）
• 分析項目数（特定有害物質26種類すべてか、一部か）
• 掘削深度（地下水までの深さ）
• 地盤状況（岩盤、埋立地等は追加費用）
• 報告書の詳細度（簡易版か詳細版か）

指定を受けていない業者に依頼するリスク

法定調査を非指定機関に依頼した場合、調査結果は法的に無効となり、指定調査機関による再調査が必要になります。

任意調査でも指定調査機関を選ぶべき理由

• 将来の法定調査に対応：後に法定調査が必要になった場合でも、そのまま報告書として使用できる
• 金融機関の信頼：融資審査では指定調査機関による調査が求められる
• 不動産取引での信頼性：買主や不動産仲介業者から信頼される
• 技術水準の保証：国の基準を満たした技術者・設備による調査

指定調査機関との契約時のチェックポイント

契約前に確認すべき事項

• 指定番号の確認：環境省のデータベースで指定の有効性を確認
• 技術管理者の氏名：契約書に明記されているか
• 調査計画書の提出：サンプリング地点、分析項目、スケジュールが明記されているか
• 追加費用の条件：どのような場合に追加費用が発生するか
• 報告書の形式：法定報告書として使用できる形式か
• 瑕疵担保責任：調査の不備による損害の補償範囲

契約書に盛り込むべき条項

• 調査範囲と方法の詳細
• 納期と遅延時のペナルティ
• 成果物の所有権（報告書の著作権）
• 秘密保持義務
• 損害賠償の範囲と上限

よくあるトラブルと対策

ケース1：見積もりより大幅に高額な請求

原因：当初の見積もりに含まれていない追加調査が発生

対策：契約前に「追加費用が発生する条件」を明確化し、上限額を設定する

ケース2：調査結果に疑義がある

原因：サンプリング地点が不適切、分析ミス

対策：セカンドオピニオンとして別の指定調査機関に一部再調査を依頼（重要案件の場合）

ケース3：行政から報告書の修正指示

原因：報告書の記載不備、調査方法の不適切

対策：契約時に「行政受理までのサポート」を契約に含める

まとめ：信頼できる指定調査機関を選ぶために

指定調査機関の選定は、土壌汚染調査の成否を左右する最も重要な意思決定です。単に「安い」「近い」という理由だけで選ぶのではなく、以下の点を総合的に評価しましょう：

• 同業種・同規模の調査実績
• 地域の地質・地層への精通
• 技術管理者の経験と対応力
• 費用の透明性
• 対策工事までの一貫対応能力
• 行政対応の経験
• スケジュール管理能力

複数の指定調査機関から見積もりを取得し、比較検討することが不可欠です。当サービスでは、無料で複数の指定調査機関に一括見積もり依頼が可能です。専門家のアドバイスも受けられますので、まずはお気軽にご相談ください。